Personnellement, je trouve très pratique d'avoir un produit manipulable physiquement (je sens venir les commentaires graveleux...

Les système de challenge/response ou autre autorisation liées au disque dur ou à l'adresse MAC de la carte réseau... C'est pas super pratique quand tu changes de machine, la réinstalle, crame un disque dur... Avec une licence sur clé, tu n'as pas besoin de contacter qui que ce soit, tu peux être au fin fond d'un trou sans internet avec juste une prise de courant, tu pourras remettre ta station en route.
Et les éditeurs de logiciels ne sont pas fous : ils savent très bien qu'une protection uniquement par code leur fera louper beaucoup de ventes...